CC = gcc
CFLAGS = -Wall -O2

OBJ = src/genomemapper/alloc.o src/genomemapper/genomemapper.o src/genomemapper/hit.o src/genomemapper/index.o src/genomemapper/init.o src/genomemapper/print.o src/genomemapper/read.o src/genomemapper/usage.o src/genomemapper/load.o src/genomemapper/align.o src/gmindex/gmindex.o src/gmindex/alloc.o src/gmindex/index.o src/gmindex/init.o src/gmindex/load.o src/gmindex/usage.o src/gmindex/write.o 


genomemapper: $(OBJ)
	$(CC) $(CFLAGS) -o genomemapper src/genomemapper/alloc.o src/genomemapper/genomemapper.o src/genomemapper/hit.o src/genomemapper/index.o src/genomemapper/init.o src/genomemapper/print.o src/genomemapper/read.o src/genomemapper/usage.o src/genomemapper/load.o src/genomemapper/align.o
	$(CC) $(CFLAGS) -o gmindex src/gmindex/gmindex.o src/gmindex/alloc.o src/gmindex/index.o src/gmindex/init.o src/gmindex/load.o src/gmindex/usage.o src/gmindex/write.o

clean:
	rm -f src/genomemapper/*.o src/gmindex/*.o  genomemapper gmindex 



src/genomemapper/%.o: src/genomemapper/%.c
	$(CC) $(CFLAGS) -c $? -o $@

src/gmindex/%.o: src/gmindex/%.c
	$(CC) $(CFLAGS) -c $? -o $@


